Học Viện Trên Núi Cốc Viễn xoay quanh câu chuyện của một nữ sinh viên đại học hiện đại bất ngờ xuyên không vào một thư viện cổ đại. Cô gái trẻ Ngô Hoàn Hoàn quyết định giả làm nam nhân để vào thư viện học tập, bắt đầu một hành trình đầy thú vị và bất ngờ.
Tại đây, Ngô Hoàn Hoàn kết bạn với những người bạn học cùng như Đường Văn Khởi, Kỳ Thiệm, và cùng họ chung tay giải quyết vấn đề giáo dục không đồng đều ở thời cổ đại. Họ dũng cảm chống lại quan niệm bất công, quyết tâm xây dựng một trường học riêng, nơi không kỳ thị dòng dõi và mở cửa cho cả nữ tử, mà không yêu cầu bất cứ chi phí nào.
Với mục tiêu giúp mọi người có thể đi học, họ vượt qua nhiều khó khăn và trở ngại. Câu chuyện của họ không chỉ làm thay đổi tư tưởng của những người xung quanh mà còn thành công đưa tư tưởng giáo dục hiện đại vào thư viện thời cổ đại. Sự nỗ lực và quyết tâm của họ cuối cùng đã được công nhận và cảm động.