Thiếu Lâm Tự Truyền Kỳ 2 xoay quanh bối cảnh thời đại loạn của triều đại Tùy, khi chư hầu khắp nơi tự xưng vương, chiến tranh liên miên, và người dân chịu nhiều苦难.
Trong thời loạn lạc đó, 13 người xuất thân khác nhau nhưng đều bị hoàn cảnh ép buộc phải lên đường tìm kiếm sự sống. Họ trải qua nhiều sóng gió gian nan, cuối cùng tìm đến cửa Phật, quyết định xuất gia để tìm kiếm sự bình yên.
Thế nhưng, những thế lực đen tối vẫn không buông tha họ, tiếp tục truy sát và gây hấn. Cuộc sống của 13 đệ tử Thiếu Lâm Tự đầy gian nan và thử thách, nhưng họ vẫn kiên trì tu luyện võ công và tìm kiếm con đường giải thoát.
Câu chuyện của Thiếu Lâm Tự Truyền Kỳ 2 là một hành trình đầy mạo hiểm và phiêu lưu, khi các đệ tử Thiếu Lâm Tự chiến đấu chống lại thế lực tà ác để bảo vệ chính nghĩa và tìm kiếm hòa bình.