Liên Minh Công Lý Trở Lại xoay quanh cuộc phiêu lưu của các siêu anh hùng trong Justice League. Câu chuyện bắt đầu khi Legion of Doom, một tổ chức đối đầu với Justice League, thua trận và thủ lĩnh của họ, Lex Luthor, bị chôn vùi dưới một lớp băng khổng lồ.
Một nghìn năm sau, vào thế kỷ 31, Dawnstar và Karate Kid, hai thành viên của Justice League, du lịch về quá khứ và vô tình hồi sinh Lex Luthor khi thăm một viện bảo tàng trưng bày chiến tích của các siêu anh hùng. Lex Luthor thoát khỏi băng và quyết định du hành ngược thời gian để thay đổi lịch sử.
Mục tiêu của Lex Luthor là ngăn Kal El được gia đình Kent nhận làm con nuôi khi con tàu vũ trụ của cậu đâm vào Smallville. Điều này khiến Dawnstar và Karate Kid phải đuổi theo để ngăn cản anh ta và bảo vệ dòng thời gian. Cuộc phiêu lưu này hứa hẹn sẽ mang lại nhiều tình huống hài hước và thú vị khi các siêu anh hùng trẻ tuổi đối đầu với Lex Luthor.