Trong một tương lai không xa, một loại virus đáng sợ tên Fire-Starter bắt đầu lây lan qua hệ thống máy tính, đe dọa đến an ninh của cả quốc gia. Loại virus này không chỉ lây nhiễm vào máy tính mà còn có khả năng xâm nhập vào “ma” của con người, làm mờ ranh giới giữa thực thể sống và máy móc.
Khi Thủ tướng Nhật Bản trở thành nạn nhân của một vụ ám sát liên quan đến virus này, Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội đặc nhiệm tinh nhuệ của cô được triệu tập để điều tra và truy tìm nguồn gốc của virus. Với kỹ năng và kinh nghiệm của mình, họ phải đối mặt với những thách thức mới trong việc chiến đấu với một kẻ thù vô hình và có khả năng thích nghi nhanh chóng.
Trong quá trình điều tra, đội của Thiếu tá Kusanagi sẽ phải đối mặt với những câu hỏi sâu sắc về bản chất của cuộc sống và công nghệ, cũng như những rủi ro và hậu quả của việc kết hợp giữa máy móc và con người. Liệu họ có thể tìm ra nguồn gốc của virus và ngăn chặn nó trước khi quá muộn?